A FAJE é uma instituição de ensino superior credenciada pelo Ministério da Educação do Brasil e também reconhecida pela Congregação da Educação Católica (Vaticano). Isso significa que os departamentos de Filosofia e Teologia da FAJE equivalem, sob o aspecto canônico, isto é, da legislação da Igreja Católica, às Faculdades Eclesiásticas de Filosofia e Teologia, que, enquanto tais, constituem o Centro de Estudos Superiores da Companhia de Jesus, o qual resultou da transferência para Belo Horizonte, em 1982, das Faculdades Eclesiásticas de Filosofia e de Teologia, mantidas pela Companhia de Jesus no Brasil e autorizadas a conceder títulos acadêmicos em nome da Santa Sé.
A Faculdade de Filosofia, criada em 1941, em Nova Friburgo (RJ), foi transferida sucessivamente para São Paulo (SP), em 1966, e para o Rio de Janeiro (RJ), em 1975, instalando-se em Belo Horizonte (MG), em 1982. A Faculdade de Teologia, criada em São Leopoldo (RS), em 1949, aí permaneceu até ser transferida para Belo Horizonte, em 1982, formando, com a Faculdade de Filosofia, o CES, centro de formação acadêmica dos jesuítas do Brasil, aberto a jesuítas de outros países e a estudantes do clero diocesano, de congregações religiosas e leigos de ambos os sexos. Em 05/12/1983 a Congregação para a Educação Católica (CEC) aprovou os 12 Estatutos do CES por quatro anos e em 25/07/1989 ratificou definitivamente a aprovação anterior. O Decreto de reforma dos estudos eclesiásticos de Filosofia, emitido em 2011 pela CEC, levou a uma primeira atualização desses Estatutos, que foi aprovada em 2013. Em 2019, à luz da Constituição apostólica Veritatis gaudium, do Papa Francisco, de 2017, os Estatutos e o Plano de Estudos do CES foram reformulados e novamente submetidos à CEC, que os aprovou ad quinquennium experimenti gratia, em 28/02/2020.
