A Faculdade Jesuíta de Filosofia e Teologia possui dois Programas de Pós-Graduação (PPG) Stricto Sensu:
PPG de Filosofia
O Programa de Pós-graduação em Filosofia objetiva promover a investigação científica em filosofia, à luz de um humanismo solidário e em diálogo com outras mundivisões, a fim de esclarecer o sentido da existência humana pessoal e social, em busca da solução dos problemas gerados pelas transformações da sociedade, da ciência e da cultura. Em nível de Pós-graduação strito sensu a Faculdade de Filosofia mantém o Programa de Mestrado em Filosofia, reconhecido pela CAPES.
Credenciado pela CAPES pela Portaria n.º 1919 de 03/06/2005, confirmada para os triênios seguintes pelas Portarias n.º 524 de 29/04/2008 (D.O.U de 30/04/2008), n.º 1.077 de 31/08/2012 (D.O.U. de 31/08/2012), Portaria n.º 656, de 22/05/2017, (D.O.U, de 23/05/2017 e republicada em 27/07/2017) e e Portaria n.º 609, de 14/03/2019, (D.O.U de 18/03/2019).
PPG de Teologia
Iniciou em 1987 com reconhecimento pontifício, sendo credenciado pela CAPES pela Portaria n.º 1.432 de 02/02/1999 (D.O.U de 03/02/1999), confirmada para os triênios seguintes pelas Portarias n.º 2.530 de 04/09/2002 (D.O.U de 06/09/2002), n.º 2.878 de 24/08/2005 (D.O.U. 25/06/2005), n.º 524 de 29/04/2008 (D.O.U de 30/04/2008), n.º 1.077 de 31/08/2012 (D.O.U. de 31/08/2012), Portaria n.º 656, de 22/05/2017, (publicada no D.O.U, de 23/05/2017 e republicada em 27/07/2017) e Portaria n.º 609, de 14/03/2019, (D.O.U de 18/03/2019), que também reconheceu o Doutorado desde 2002.
Nas últimas avaliações trienais da CAPES o Programa obteve nota 6, sendo considerado de nível internacional. O Programa oferece estágios pós-doutorais.
A admissão dos candidatos aos Programas de Pós-Graduação Stricto Sensu se faz mediante processo seletivo específico para cada Programa.
