Tendo em vista a sua missão, o Mestrado em Filosofia da FAJE possui os seguintes objetivos específicos:
(1) alcançar a excelência acadêmica através da seriedade com que procura selecionar os professores, ministrar os cursos, acompanhar os estudantes e avaliar o seu desempenho.
(2) proporcionar, aos estudantes, condições para refletir filosoficamente, em vista do desenvolvimento integral da personalidade, da investigação a respeito dos valores, e da capacitação científica para a pesquisa, a docência e outras formas de serviço à sociedade;
(3) consolidar projetos de pesquisa vinculados às linhas de pesquisa Ética, Filosofia Política e Sociedade e Filosofia da Religião, Ciência e Cultura tornando possível a produção e a ampliação do conhecimento na área.
(4) promover a cooperação entre pesquisadores de outras instituições, em níveis regional, nacional e internacional, tendo em vista a ampliação, o aprimoramento, o intercâmbio e o aprofundamento das reflexões e pesquisas desenvolvidas.
(5) difundir os resultados da reflexão e pesquisa no conjunto da sociedade, através de publicações, cursos, palestras, assessorias e outras formas de comunicação e extensão universitária, em níveis nacional e internacional, tendo em vista a formação de cidadãos conscientes de suas responsabilidades e capazes de situar-se criativa e criticamente ante a realidade sociocultural.
